Visi yang secara terus menerus dibangun oleh PPIW adalah menjadi lembaga riset unggulan nasional yang memproduksi dan mendesiminasi pengetahuan serta turut serta dalam memandu arah perkembangan wilayah dan pengelolaan infrastrukur yang terpadu dan berkelanjutan. Dalam menerjemahkan visi tersebut, PPIW memiliki tiga fokus penelitian, yaitu: Pengelolaan Mega Urban dan Infrastruktur Perkotaan; Pengembangan Kawasan Perdesaan dan Pesisir; serta Pengelolaan Daerah Aliran Sungai. Pemilihan ketiga fokus tersebut didasarkan atas akumulasi riset yang telah dilakukan sebelumnya serta atas kepentingan strategis nasional.

Misi yang diemban oleh PPIW adalah:

1. menyelenggarakan penelitian tentang Infrastruktur dan Kewilayahan serta mengkomunikasikannya pada berbagai pihak yang berkepentingan,
2. menjawab persoalan internasional, nasional, wilayah, dan lokal yang terkait dengan pengembangan wilayah dan infrastruktur berbasis hasil riset,
3. memperkuat kapasitas pemerintah dan masyarakat dalam merencanakan pengembangan wilayah dan infrastruktur.